La Federació neix el 4 d’abril del 1987 amb els clubs Shotokan i Kodokan d’Andorra la Vella. L’any 1990 la Federació s’annexa a l’EKU (European Karate Union). El febrer del 1990 s’organitza la primera Copa Internacional de Karate amb la participació de França, Alemanya, Itàlia i Espanya. El mes de juliol de 1990 hi ha clubs de karate a Sant Julià, Andorra la Vella i Encamp. A partir del 1995 es consolida l’afiliació de la Federació Andorrana a la WKF (Federació Mundial) i a l’EKF (Federació Europea) participant activament en els corresponents congressos. A partir de l’any 2008 la Federació agafa força tant en l’àmbit nacional com internacional i els esportistes andorrans comencen a participar de forma regular en els Campionats Europeus i Mundials. Ja en 2008 hi ha clubs a Sant Julià, Andorra, Escaldes-Engordany i Encamp.
L’any 2014 la Federació participa per primera vegada en el Campionat Europeu dels Petits Estats (SSEKF) i s’afilia a aquesta nova federació amb la presència del president, Sr. Xavier Herver, com a vicepresident d’aquest ens europeu. En l’Assemblea del COI en els Jocs de Rio de Janeiro 2016 (Brasil) es designa el Karate com a esport olímpic per a Tokyo 2020. L’any 2017 visita Andorra el president de la Federació Mundial de Karate, Sr. Antonio Espinós, per reunir-se amb el COA i el Govern d’Andorra a la recerca de què el Karate estigui inclòs en el programa esportiu dels Jocs dels Petits Estats d’Andorra 2021. Conjuntament amb el president de la Federació senten les bases per aquest fet històric que s’acaba fent realitat el maig del 2017 a l’Assemblea dels Jocs dels Petits Estats de San Marino. El mes de setembre del 2017 Andorra organitza la 4a edició del Campionat Europeu dels Petits Estats amb la presència de 8 dels 9 països (només falta Montenegro) amb participació rècord al Prat Gran d’Escaldes-Engordany, amb més de 400 competidors i amb la presència del president de la Federació Mundial, Sr. Antonio Espinós. L’any 2017 hi ha clubs afiliats a la Federació a Andorra la Vella (3), Escaldes-Engordany (1), La Massana (1) i Ordino (1). El total de federats està actualment al voltant dels 300.